Περίπου 21 μήνες μετά την τραγωδία των Τεμπών, κατασχέθηκε το καταγραφικό των συνομιλιών από τον σιδηροδρομικό σταθμό Λάρισας, στο πλαίσιο της έρευνας για το πολύνεκρο δυστύχημα, με την καθυστέρηση αυτή να εγείρει νέα ερωτήματα. Η οικογένεια του μηχανοδηγού είχε ήδη καταθέσει μήνυση, καταγγέλλοντας «μονταζιέρα» σχετικά με ένα κενό 11 λεπτών στις ηχητικές καταγραφές.
Σύμφωνα με την ιστοσελίδα «Ελευθερία», ο ανακριτής, συνοδευόμενος από αστυνομικούς της υποδιεύθυνσης εγκληματολογικών ερευνών Βορείου Ελλάδας και της τροχαίας Λάρισας, επισκέφθηκε τον σταθμό Λάρισας και, παρουσία στελεχών του ΟΣΕ, κατέσχεσε το καταγραφικό που περιλαμβάνει όλες τις ασύρματες συνομιλίες (VHF) μεταξύ σταθμάρχη και μηχανοδηγών. Η κατάσχεση έγινε στο πλαίσιο της διερεύνησης του «κενού» 11 λεπτών στις συνομιλίες το βράδυ της 28ης Φεβρουαρίου, λίγο πριν την τραγωδία, και συγκεκριμένα στο χρονικό διάστημα από την αναχώρηση της αμαξοστοιχίας από τον σταθμό μέχρι τη σύντομη ακινητοποίησή της λίγο έξω από τη Λάρισα.
Η οικογένεια του μηχανοδηγού είχε καταθέσει μήνυση για «αλλοίωση αποδεικτικού υλικού», ζητώντας τον έλεγχο των ηχητικών αρχείων για το επίμαχο διάστημα, καταγγέλλοντας ότι η διαγραφή των συνομιλιών έγινε για να ενοχοποιηθεί ο νεκρός μηχανοδηγός. Σύμφωνα με τη μήνυση, η επιβατική αμαξοστοιχία σταμάτησε λίγα λεπτά μετά την αναχώρησή της για να λάβει νέες εντολές από τον σταθμάρχη, αλλά υπάρχει ένα «ανεξήγητο» 11λεπτο κενό στις ηχογραφήσεις, κάτι που δεν συνάδει με τις υπόλοιπες συνομιλίες.
Η οικογένεια είχε επισημάνει εγγράφως το κενό αυτό στον ειδικό εφέτη ανακριτή, ζητώντας την εξέταση των ηχητικών αρχείων. Η μήνυση ανέφερε ότι ο μηχανοδηγός σταμάτησε το τρένο όταν αντιλήφθηκε αλλαγή γραμμής και επιχείρησε να ενημερώσει τον σταθμάρχη Λάρισας, αλλά η συνομιλία αυτή δεν περιλαμβάνεται στα παραδοθέντα αρχεία, γεγονός που, σύμφωνα με την οικογένεια, είχε στόχο να του αποδοθούν ευθύνες.
Με εντολή του ειδικού εφέτη ανακριτή, σκληροί δίσκοι κατασχέθηκαν επίσης από τα κεντρικά του ΟΣΕ στην Αθήνα. Η Διεύθυνση Εγκληματολογικών Ερευνών της ΕΛΑΣ είχε προηγουμένως κρίνει ότι δεν υπήρχε «κενό» στα ηχητικά αρχεία, αλλά μετά τη μήνυση της οικογένειας του μηχανοδηγού, τα αρχεία αποστάλθηκαν για επανέλεγχο. Σύμφωνα με το ίδιο δημοσίευμα, το καταγραφικό που κατασχέθηκε θα εξεταστεί από καθηγητή του Μετσόβιου Πολυτεχνείου για να διαπιστωθεί αν τα αρχεία του καταγραφικού ταιριάζουν με αυτά των σκληρών δίσκων, καθώς οι συνομιλίες πρώτα καταγράφονται στο καταγραφικό της Λάρισας και έπειτα, με μικρή καθυστέρηση, στους σκληρούς δίσκους στο κεντρικό κτίριο του ΟΣΕ στην Αθήνα.